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Es el año 2264.201 años después de que el hombre viajara por primera vez a mayor velocidad que la luz, y 113 años después del primer viaje de la Enterprise NX-01, el capitán James T. Kirk y su tripulación parten en la nave de clase Constitución USS Enterprise. En el transcurso de los 3 primeros años, la tripulación del Enterprise se encontrará con criaturas que cambian de forma y artistas del engaño, asesinos y locos, seres lo bastante poderosos como para controlar las mentes de sociedades enteras, y seres demasiado débiles como para controlar sus propios poderes mentales. Los tripulantes de la Enterprise serán amados, amenazados, engatusados, asesinados, les ofrecerán parejas para copular, serán divididos en dos, resucitados, y lanzados hacia atrás en el tiempo. Se verán forzados a luchar por sus vidas y por las vidas de sus amigos. Y a lo largo de todas esas pruebas, se irá forjando un vínculo entre tres insólitos amigos: el valiente y carismático capitán, el irascible doctor, y el Vulcaniano sin emociones. El viaje ha comenzado.