Sinossi
Lionel Luthor è finalmente dietro le sbarre, ma questo non lo rende meno pericoloso. Lana fa ritorno da Parigi con un nuovo amore: Jason Teague che viene assunto come allenatore della squadra di football. Clark decide per l'enensima volta di entrare a far parte della squadra, ma questa volta riesce finalmente a giocare. Lex continua le sue indagini sulla caverna e su Clark e comincia a raccogliere reperti archeologici da tutto il mondo, reperti che in realtà sono frammenti di cristallo Kryptoniani. Lana si risveglia con un tatuaggio sulla schiena che non ricorda di aver fatto e ben presto si rende conto che è collegato al libro di magia appartenente a Isabelle, una sua antenata del diciassettesimo secolo accusata di stregoneria. La cugina di Chloe arriva a Smallville per indagare sulla sua morte, ma gli indizi provano che Chloe non è affatto defunta, ma che ha organizzato la messainscena per eludere i killer di Lionel. Lois è una ragazza sveglia, indipendente e un po' avventata. Dopo essere stata espulsa dall'università, i Kent le offrono asilo e la ragazza diventa parte della vita quotidiana di Clark. Clark nel frattempo, cerca di impossessarsi dei cristalli, ma tra Lex, Lionel, Jason e Genevieve, la Signora Teague, l'impresa non è molto semplice. Alla fine sarà Jor-El a convincerlo a fare tutto il possibile per riunire i cristalli: se Clark non eseguirà gli ordini una nuova pioggia di meteore si abbatterà sulla Terra. In corsa contro il tempo Clark riesce finalmente a unire i tre cristalli, ma non prima che le meteoriti si abbattano su Smallville e sulla casa dei Kent....