Sinossi
Clark si ritrova in Antartide dopo aver riunito i cristalli Kryptoniani, smarrito e senza la benchè minima idea di cosa fare, Clark decide di affidarsi ai Cristalli della Conoscenza che, scagliati nel ghiaccio, creano la Fortezza della Solitudine. Con l'aiuto di Jor-El Clark intraprende il viaggio per compiere il suo destino e fermare le forze del male che si stanno addensando all'orizzonte. Dall'astronave Kryptoniana emergono due luogotenenti di Zod, un criminale malvagio e potente rinchiuso in una prigione di massima sicurezza: la Zona Fantasma. Clark fa la conoscenza del Professor Fine, che lo assume come suo assistente. Fine però non è quello che dice di essere, anzi non è neanche umano. Chloe viene assunta come apprendista al Daily Planet mentre Clark perde i suoi poteri, avendo finalmente la possibilità di stare insieme a Lana. Jonathan e Lex concorrono per il Senato e Lionel decide di finanziare la campagna elettorale di Jonathan. Purtroppo la relazione tra Clark e Lana non è scritta nelle stelle e Lana, stufa delle menzogne di Clark, che nel frattempo ha riavuto i suoi poter, trova conforto in Lex, che è si un manipolatore ossessionato dal potere, ma almeno è sempre stato sincero con lei. Subito dopo il risultato delle elezioni Jonathan rimane ucciso in un incidente, lasciando Clark e Martha nella disperazione.