Full Metal Panic! The Second Raid

L'histoire se déroule environ deux mois après les événements survenus sur le sous-marin Tuatha de Danaan.

L'organisation Mithril a vent d'une organisation secrète possédant une technologie probablement supérieure à la leur. Cette organisation du nom d'Amalgam possède une « Black Technology » obtenue depuis un « Whispered » et compte bien en obtenir autant que possible. Sagara Sousuke et ses collègues font tout leur possible pour mettre un terme à cette organisation.