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Vier Jahre sind seit der finalen Schlacht zwischen Celestial Being und den UN Streitkräften vergangen. Die Menschheit hat eine von der Föderationsarmee unabhängige Einheit, genannt A-Laws, zur Erhaltung der Sicherheit gegründet.
Vor der Öffentlichkeit geheim gehalten wird jedoch, dass A-Laws ihre Macht missbraucht und unmenschliche Taktiken einsetzt, um Freiheiten, Lehren und Ideologien im Namen der »Einigkeit« zu unterdrücken. Saji Crossroad ist ein Weltraum Ingenieur geworden, um sein Versprechen mit Louise Halevy zu halten. Louise selbst ist während der vier Jahre A-Laws als Mobile Suit Pilotin beigetreten. Setsuna, der den Kampf mit Graham Aker vor vier Jahren überlebt hat, hat den Wandel der Welt währendessen mitbekommen. Nach dem Sieg über Alejandro Corner, hat er davon geträumt endlich in einer friedlichen Welt ohne Konflikte zu leben, aber mit seinen eigenen Augen sieht er die Realität, in der noch immer kein Frieden dank A-Laws herrscht.