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Después de un año de descanso, Shinpachi Shimura regresa a Edo, sólo para tropezar con una impactante sorpresa: Gintoki y Kagura, sus compañeros de Yorozuya, se han convertido en personajes completamente diferentes. Al huir del cuartel general de Yorozuya, confundido, Shinpachi descubre que todos los habitantes de Edo han sufrido cambios imposibles, tanto en su apariencia como en su personalidad. Lo más increíble es que su hermana Otae se ha casado con el jefe del Shinsengumi y desvergonzado acosador Isao Kondou y está embarazada de su primer hijo.
Desconcertado, Shinpachi acepta unirse al Shinsengumi a petición de Otae y Kondou, y se encuentra con transformaciones aún más sorprendentes dentro y fuera de las filas de la organización. Sin embargo, al descubrir que el vicejefe Toushirou Hijikata no ha cambiado, Shinpachi y su improbable aliado del Shinsengumi se proponen devolver a la ciudad de Edo la forma en que la recuerdan.