Le monde fait face à une nouvelle menace prenant cette fois la forme d'Apep, le dieu égyptien du chaos. Libéré accidentellement de son emprisonnement, ce dernier utilise les personnes qui se trouvent sur son chemin pour faire des ravages. Tandis que les agents de la DOSA font leur possible pour contrecarrer chacun de leurs gestes, les bibliothécaires se démènent pour arrêter Apep. Flynn, obsédé par la capture du dieu égyptien, convainc quant à lui Charlene de revenir contribuer à la cause.